Konventionelle und Bio-Säfte unterscheiden sich wesentlich im Anbau ihrer Rohstoffe. Bei der biologischen Bewirtschaftung von Obstplantagen und Gemüsefeldern wird auf die Anwendung von chemisch-synthetischen Pflanzenschutz- und Düngemitteln verzichtet. Bio-Landwirte setzen auf einen vorbeugenden Pflanzenschutz, organische Düngung und den Einsatz von robusten Sorten. Die deutschen Bio-Anbauverbände erlauben nur Direktsaft, keinen Saft aus Konzentrat und keinen Zuckerzusatz. Angestrebt wird, nur naturtrübe Säfte herzustellen. Die Verwendung von Klär- und Filterhilfsmitteln ist eingeschränkt, auch hier sind nur definierte Mittel erlaubt. Der Einsatz von festgelegten Enzymen, die zur Steigerung der Saftausbeute verwendet werden, ist nur bei schwierigen Saftpressungen wie etwa bei Schwarzen Johannisbeeren und Brombeeren erlaubt. Für die Herstellung von Bio-Fruchtnektaren und -getränken ist die Verwendung der Süssungsmittel ebenfalls eingeschränkt. Erlaubt sind natürliche Zutaten wie Honig, Fruchtzucker oder Ahornsirup, künstliche Süssstoffe sind tabu.